2048 yılında geçen film, Godzilla ve diğer büyük canavarlar tarafından ele geçirilen dünyayı terk etmek durumunda kalan insanları konu ediyor. Tau Ceti e isimli bir gezegene giden insanlar, buradaki yaşam olanaklarının yeterli olmayışı sebebiyle uzay gemisini terk edemezler. Ardından Haruo isimli birinin, dünyaya geri dönmek ve gezegeni canavarların elinden kurtarmak fikriyle bir grup insanın atıldığı macerayı izleyeceğimiz Godzilla: Monster Planet‘in senaryosu, Tokyo Anime Awards’ta En İyi Senaryo ödülünü kazanan Gen Urobuchi tarafından yazıldı.