"Animenin hikayesi dördüncü dünya savaşından bir sene sonra yani 2027 yılında geçmektedir. New Port şehri savaşın ardından yaralarını sarmaya çalışırken bir patlama olayı daha yaşar. Bunun üzerine, bir ordu üyesi gelir. Soruşturma sırasında Kamu Güvenliği Birimi’nden Daisuke Aramaki ordunun 501. Gizli Birimi’ne atanan sayborg büyücü- hacker Motoko Kusanagi ile karşılaşır. “Uyumayan bir gözü olan” adam olarak tanınan Batou Kusanagi’nin bu bombalamanın sorumlusu olduğunu düşünür. Niihama Valiliği’nden polis detektifi Togusa ise iki davayla ilgilenmektedir. Motoko 501. Gizli Birimi’nin başkanı Kurutsu ve sayborg ajanları tarafından takip edilmektedir."