Bronx'taki St. Nicholas Kilisesi'nde Rahip Brendan Flynn, korkunun ve disiplinin gücüne yürekten inanan Rahibe Aloysius Beauvier'in ateşli bir şekilde savunduğu katı gelenekleri yıkmak için çaba göstermektedir. Sene 1964'tür ve ülkenin politik iklimindeki değişim rüzgarlarının kilise camiasını da etki altına alması gecikmez. Beyazların yönetimindeki bir okula ilk kez Donald Miller adlı siyahi bir öğrenci kabul edilmiştir. Geleceğe umutla bakan genç ve masum Rahibe James, Peder Flynn ile ilgili bir şüphesini Rahibe Aloysius ile paylaşarak Peder Flynn'ın, Donald'a karşı aşırı bir yakınlık gösterdiğini anlatır. Bu iddia ve suçlama üzerine harekete geçen Rahibe Aloysius, gerçeği ortaya çıkartmak ve Peder Flynn'ı okuldan attırmak için büyük bir mücadele başlatır. Bu mücadele hem kilise hem de okul üzerinde yıkıcı sonuçlar getirecektir.