Yıl 2030. Gülen Adam Vakasının çözülmesinin üzerinden altı ay geçti. Japonya'da yaklaşık 3 milyon mülteci yaşıyor ve işgücü açığını kapatmak için davet ediliyor. Bununla birlikte, davetli mültecilerin ortaya çıkan varlığı, ulusal izolasyon çağrısı yapan "bireyciler" ile çatışmalarını yoğunlaştırdı ve bu da daha sonra terör saldırılarının artmasına neden oldu. Bu koşullar altında, Individual Eleven adlı bir terörist grup bir intihar saldırısı gerçekleştirir. Ancak eylemlerinin arkasında daha büyük bir plan vardı. Bölüm 9 bunu öğrendiğinde, olayın beynini ortaya çıkarmaya çalışır. Bu arada, Individual Eleven'ın hayatta kalan bir üyesi olan Kuze, davetli mültecilerin karizmatik lideri olur ve hükümete karşı çatışmayı yoğunlaştırır. Ve Motoko, onu Kuze ile ilişkilendiren garip bir kader duygusu hissetmeye başlar...